En el ejemplo que mostraste, el fichero “PersonaBO.hbm.xml” tiene esto al inicio:
Cita: <?xml version="1.0"?>
<!-- <!DOCTYPE hibernate-mapping PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Mapping DTD 2.0//EN"
"http://hibernate.sourceforge.net/hibernate-mapping-2.0.dtd"> -->
Lo cual implica que la declaracion del DOCTYPE esa comentada (por el <!-- y el -->) y simplemente me preguntaba por que sería.
Me alegro que encontraras el problema.