Como te lo dijo Vaalegk tendría que funcionar. Lo podés hacer todo con una sola consulta. Cambia todo el código que publicaste por esto, a ver si funciona:
Código PHP:
<?
mysql_query("UPDATE usuarios SET dias_a_pub =DATEDIFF(CURDATE(),fecha_baja)",$conexion);
if (!mysql_error()) {
echo "bien ";
}
else
{
echo "mal ".mysql_error();
}
?>
Espero que te funcione.
Saludos.