Para poner la hora, y que siempre se refresque, es mejor hacerlo con javascript, y meter esa función javascript en un condicional.
Algo así:
Código PHP:
<?php
$hora = date("H:i:s");
if ($hora!=="15:40:00") {
//Función javascript y tal
} else {
echo "ya son las 15 y 40 muchachos";
}
?>