Usando GD 2.x y en consecuencia las funciones "truecolor" como las usas .. no deberías tener problemas como los que sucede cuando no usas esas funciones (o no puedes disponer de ese grupo de funciones por usar GD 1.x).
Ahora .. el detalle puede ser que generen un PNG en lugar de un JPG (con "pérdidas") .. Fijate en eso también.
Por otro lado .. no sé que funciones usan esos CMS para generar "thumbnails" .. pero no sólo existen las librerías GD (
www.php.net/gd) .. también tienes las "ImageMagick" .. que si bien no son tan comunes para su uso con PHP (muchos servidores no la instalan) .. "parece" que son mejores que GD (más funciones .. más formatos que pueda trabajar .. etc).
Un saludo,