Hola oecarlitos,
Yo realmente te aconsejaría utilizar uno de pago pues están más depurados y cuentas con mejor soporte. Conozco: Modernbill, WHMAutoPilot, ClientExcec, AWBS, LPanel, invohost.com.
Si de todas formas prefieres uno gratuito, los que conozco son: invohost.com (starter), phpCoin, e-bills y
solid-state(esa en desarrollo aun).
Espero te sirva, un saludo!