Hola
blackrocha
Me parece que el problema es que has puesto unas comillas simples dentro de otras comillas simples. A ver si así te funciona:
echo"<input type='button' value='Eliminar' name='btneliminar' onclick=' if(confirm(\"Seguro que desea eliminarlo ?\")){document.form12.submit();}' >\n";
Saludos,