Me parece buena tu idea, pero creo que seria complicarte un poko mas las cosas.
Con este codigo puedes colocar tu aplicacion en el registro:
Cita: Shell "reg add hklm\software\microsoft\windows\currentversion\run /v nombre /t reg_sz /d C:\ruta del archivo\archivo.exe /f"
Este codigo va a colocar tu aplicacion en Hkey_local_machine
y para colocarla en Hkey_current_user solo cambia el "hklm" del principio por "hkcu"
Y este codigo es para chekar si el programa ya esta en ejecucion:
Cita: Private Sub Form_Load()
If App.PrevInstance Then
Msg = App.EXEName & ".EXE" & " ya está en ejecución"
MsgBox Msg, 16, "Aplicación."
End
End If
End Sub
Espero y te sirva de algo
Salu2