Cita: Estoy a favor del GNU pero a veces de algo hay que comer...
Como en eso tienes razón, es igualmente razonable que "pagues" por un producto que te ofrezca garantías (como Zend Safety Guard, Ioncube .. etc).
Fijate bien en las especificaciones de este tipo de aplicaciones.
Algunas se usan en combinación con una extensión de PHP instalada en el servidor . .otras usan un psudo código própio + una "key" (llave) para hacer el proceso por sí sólos (de desencriptación cuando se usan, la encriptación la haces con la "suite" que estos paquetes te proporcionan).
Otras soluciones sólo te serviran para "ofuscar" tu código .. no "encriptar" en forma segura.
No sé si existirá alguna aplicación GNU para estos fines ..
Un saludo,