juaz, no entendi nada en es codigo, veamos, prueba asi
Código PHP:
<?
// por aki codigo el php ke va antes de la funcion js
?>
<script type="text/javascript">aki la funcion js</script>
<?
// por aki mas codigo php ke va despues de la funcion js
?>
esa es una forma correcta de usar los echo de php ya ke al ser codigo no php, este no necesita ser parseado.
saludos