Yo utilizo
avidemux. Es un editor de vídeo que permite muchas cosas, aunque si sólamente quieres introducir subtítulos te parecerá demasiado...
En fín, para introducir los subtítulos con
avidemux símplemente abre el vídeo en cuestión, y utiliza el Filtro de vídeo "Subtittler", es gráfico e intuitivo.
Saludos.