Una opción sería (si es que no quieres prescindir de dicho filtro) es crear un archivo CSS exclusivo para aquellos "efectos" que sean exclusivos de microsoft y no pasen la validación. entonces en ese archivo, aplicas el efecto referenciando a la clase o al id del elemento sobre el quelo quieres aplicar (lógicamente ese archivo CSS no pasará la validación, pero así mantienes "limpios" los otros archivos CSS).
Y finalmente llamas al archivo CSS utilizando los comentarios condicionales de IE, para que solo ese navegador cargue el archivo. en
www.diseñorama.com hay un artículo sobre como usar los comentarios condicionales.