Debes tener un array de JCheckboxes... y definir un método público "itemStateChanged" y en este te recorres el array de tus checkboxes y sabrás cual de ellos está seleccionado siempre que uno de ellos tenga el método ".isSelected()" = a "true" .
Un ejemplo puedes hallarlo en esta URL:
http://www.humboldt.edu/~st10/f03cis...kBox_java.html
Un saludo.