Hola:
El tamaño lo resuelves con los parámetros width, height (igual que los estilos, pero no hace falta poner las medidas) y la posición top, left...
Si por ejemplo quisieras una ventana centrada de 300x200:
var tope = screen.height / 2 - 100;
var izq = screen.width / 2 - 150;
var ops = "toolbar=no,directories=no,menubar=no,status=yes,t op=" + tope + ",left=" + izq;
MiVentana=window.open("","EL FLASH",ops);
Más información en FAQ-100.
Te recomiendo no usar espacios en blanco... te valdría "EL_FLASH" (si bien ahora te funcione bien, podría traerte problemas en el futuro)
Saludos
