Hola,
Seguramente los ejemplos que estas mirando son de Applets y Applicaciones y por eso se ejecutan desde la linea de comandos. Para hacer aplicaciones web se usan servlets, paginas JSP etc y NO se ejecutan desde linea de comandos, si no a través de un contenedor de servlets como el Tomcat, el Resin...
Quiza esto te ayude:
http://www.programacion.com/java/tutorial/servlets_jsp/