Que tal mi hermano, al parecer andas algo perdido en el tema, te lo digo no por que yo sepa demasiado, lo digo por que yo tambien estoy iniciando en esto.
He hecho lo mismo que has estado intentando y dejame decirte que es todo un relajo estar compilando desde la linea de comandos para generar los archivos *.class, archivos *.properties y demas cosas, pero para esto necesitas la maquina virtual de java(jdk), servidor(jsdk), y me parece que otra utilidad, yo te recomiendo que descargues el netbeans, que lo encuentras en la pagina de sun mycrosystem de forma gratuita, y despues de eso estudiar mucho acerca de los servlets y para crear tus aplicaciones java y mezclarlo con las paginas web(claro que tambien necesitaras saber algo de html).
Pero de cualquier forma es buena idea saber hacer todo esto sin ayuda de algun programa, por que asi, estaras de acuerdo que, se aprende mas y mejor.
Espero que esto te sirva de algo, y si no hasmelo saber.
BLEND 
El que no vive para servir, No sirve para vivir...