En lo personal busco no tener mas de 400 y organizadas segun el formato.
TTF / Type 1 / Open type / Adobe fonts
He tenido problemas cuando dejo que windows las administre, (los recursos del sistema bajan mucho) cuando se depliegan archivos de mas de 100 megas, con diferentes aplicaciones abiertas al mismo tiempo.
Basicamente uso el Adobe Type Manager y el Font navigator de Corel, organizadas en d:\Fonts\TTF / a /b /c
De tal forma que no necesito instalarlas sino simplemente habilitar al programa para que en caso necesario el tome la fuente la use sin instalarla.
Para visualizar fuentes
http://www.softonic.com/seccion/376/Fuentes