No pude entender bien tu código, pero me gustó tu ejemplo y creo que se puede optimizar muchísimo.
Por ejemplo, vi que tienes creo que 3 funciones que hacen el trabajo y eso bien lo puede hacer una sola función.
El código es prácticamente el mismo, pero la función cambia:
Código PHP:
//
//
<html><head><title>CheckEle Agrupados</title></head>
<body><style>.formato {OVERFLOW: auto; BORDER-LEFT: buttonshadow 1px; WIDTH: 400px; COLOR: windowtext; BORDER-BOTTOM: buttonhighlight 1px; SCROLLBAR-BASE-COLOR: buttonface; POSITION: relative; HEIGHT: 50px; BACKGROUND-COLOR: window}</style>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function cambiaEle(grupo,accion){
ele = document.formulario.elements;
for(i=0;i<ele.length;i++)
if(ele[i].type=='checkbox' && ele[i].name.substring(0,1)==grupo)
switch(accion){
case 'habilitar': ele[i].disabled = false; break;
case 'deshabilitar': ele[i].disabled = true; break;
case 'todos': ele[i].checked = true; break;
case 'invierte': ele[i].checked = (ele[i].checked == true)?false:true; break;}
}//end function
</SCRIPT>
<FORM NAME="formulario">
<DIV class="formato">
<fieldset id="A"><legend>Grupo A</legend>
<input type="checkbox" name="A1" value="mmm...">
<input type="checkbox" name="A2" value="sale y vale">
<input type="checkbox" name="A3" value="see you later">
<input type="checkbox" name="A4" value="vale vale">
<input type="radio" name="R1" value="Deshabilitar" onClick="cambiaEle('A','deshabilitar')">Deshabilitar
<input type="radio" name="R1" value="Habilitar" onClick="cambiaEle('A','habilitar')" checked>Habilitar
</fieldset>
</DIV>
<div class="formato">
<fieldset id="B"><legend>Grupo B</legend>
<input type="checkbox" name="B1" value="saluddos">
<input type="checkbox" name="B2" value="sí sí">
<input type="checkbox" name="B3" value="no no">
<input type="checkbox" name="B4" value="ok oiko">
<input type="button" name="boton1" value="Todos" title="Seleccionar Todos" onClick="cambiaEle('B','todos')">
<input type="button" name="boton2" value="Invertir" title="Invertir Selección" onClick="cambiaEle('B','invierte')">
</fieldset >
</div>
<div class="formato">
<fieldset id="C"><legend>Grupo C</legend>
<input type="checkbox" name="C1" value="algo">
<input type="checkbox" name="C2" value="otracosa">
<input type="checkbox" name="C3" value="una cosa más">
<input type="checkbox" name="C4" value="jajaja">
</fieldset>
</DIV>
</FORM>
</body></html>
Suerte Chuty.