Subilos por ftp, es mas simple. http es mas lento y poco confiable en cuanto a transferencia de archivos grandes se refiere. Lo mejor es usar java para esto, no php.
En
http://upload.thinfile.com/ftp/ vas a encontrar un applet que sirve justamente para esto y sale 50 dolares nada mas.
Si es algo personal y no contas con ese dinero, configura el servidor, php y listo. El modulo dav quizas sea lo que necesites:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_dav.html