Hola
Para sincronizarlos, usa el subtitle workshop. Y para pegarlos, si lo deseas dejar al final en MPG, te sugiero utilizar los filtros ffdshow para cargar los subtitulos y luego hacer la conversión a MPG con tu programa habitual (TMPGEnc por ejemplo). Si necesitas manuales, para estos dos pasos tienes manuales aqui:
www.mundodivx.com/subtitulos/index.php
Suerte