¿Aplicación con jboss?

[daemon_free]

el problema es que los archivos .java son para el jboss solamente archivos de texto, para q tenga en cuenta los cambios que haz echo debes actualizar los archivos .class q son los q "interpreta" la JVM, para hacer esto supongo que debas crear de nuevo el empaquetado .jar o .war y redeployarlo en el JBoss

te recomiendo que sigas tratando con el eclipse, es un IDE increiblemente bueno, con el puedes: desde empaquetar los .war hasta el redeploy y el debug, todo automatico y sin salir del IDE
para el trabajo jboss-eclipse existe un plugin llamado JBoss-IDE que te puede ayudar bastante
jboss.com/products/jbosside/downloads