puedes hacer lo siguiente:
Una primera página "vacía" que llame desde el body a la función que abre el popup. Sería algo así:
<html>
<body>
<script>
<script language="JavaScript">
function abrirVentana() {
open("popUp.htm","miVentana", "toolbar=no,directories=no,menubar=no,status=n o");
}
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>
Y en el popup pones una función que cierre la ventana padre cuando se abra el popup (ventana hija) (esto lo puedes encontrar buscando en Foros del Web, no te lo voy a dar todo mascado)