Solucionado. Por lo visto había que crear un movieClip dentro del que utilizaba.
Código:
var banners = new Array("banner1.swf", "banner2.swf");
function getRandomBanner() {
var indice:Number = random(banners.length);
return banners[indice];
}
myClip = _root.createEmptyMovieClip("myClip", 1);
contenedor = myClip.createEmptyMovieClip("contenedor", 1);
contenedor.loadMovie(getRandomBanner());
myClip.onEnterFrame = function() {
if (contenedor._currentframe == contenedor._totalframes && contenedor._totalframes > 1) {
contenedor.loadMovie(_root.getRandomBanner());
}
};