Hola perrogrun:
Gracias por compartir tus conocimientos. Fíjate en estos foros que el tema es bastante recurrente (yo también lo traté en varias ocasiones

)
Hay una función que puede ayudarte mucho: "imagecreatefromstring"...
La idea es leer la imagen de forma binaria sin importar el formato (bueno, debe reconocerlo php) y luego puedes exportarla con imagepng...
La verdad es que la transparencia en el redimensionado hay que tratarla con pinzas...
Saludos