Como nacho004 te recomiendo, mis razones:
1º Como ya lo dijo él, el espacio y la cantidad de carpetas, pero sobre todo creo que si algún día llegan a descubrir un error en tu pagina y pueden hacer algo, vos tendrías que actualizar todos los .php de todas las carpetas
2º Sobre la seguridad, yo digo que mucho no te preocupes, teniendo una buena conducta a la hora de nuestro desarrollo (inicializar todas las variables, no confiar en nada que venga de "afuera", etc) no tendremos muchos problemas, aparte no hay algo que sea anti-hackers si alguien que sabe mucho lo quiere hacer lo hace, nada es imposible.
3º Si quieres que "parezca" que cada usuario están en distintas carpetas, lo que tendrías que utilizar el el mod_rewrite y ya.
Saludos y suerte.