Tienes activada la función S.M.A.R.T.?, te reporta alguna anomalía?
El HDD es de curiosidad marca Samsung, Western Digital ó Hitachi?, son los que a veces fallan tronando la partición de un momento a otro. Otro tipo de falla es un "daño físico aparente" en el sector de inicio.
La partición está en NTFS?, hago ésta, porque no podrías hacer un diagnóstico con Scandisk de Windows Me, o el Norton Disk Doctor de Symantec (funcionan para diagnosticar y reparar cuando es FAT32); son un poco más efectivos que el CHKDSK de XP (y lo tengo comprobado muy frecuentemente).