Holas MargoChanning, sobre tu primera duda si esta bien organizada o si es coherente, todo eso va de la mano con el contexto de tu problema, sin eso no podriamos darte una opinion sobre el diseno que tienes, ahora sobre si la sintaxis esta correcta pues a primera vista no parece tener errores, ahora sobre que en algunos encuentras con INDEX y en otros con KEY, pues mirando la documentacion de MySQL ambos representan indices, y no hablan de alguna diferencia entre ellas, pero si mal no recuerdo en versiones anteriores de MySQL se hacia uso de INDEX y es por eso aun se sigue manejando.
Ahora sobre ese tu campo que quieres relacionar con otra tabla en la que no es llave primaria, lo que tratas de hacer no creo que sea posible, tal vez deberias pensar en normalizar esa tabla y redisenarla para que puedas trabajar sin problemas, tal vez como sugerencia podrias evitar esos errores que tienes al crear las referencias si haces un diseno fisico o ER en un algun programa como
DBDesigner o
PowerDesigner hay muchas que facilitan el diseno y ayudan generando scripts .sql y hasta te revisan tu sintaxis, cya