Fijate en el ejemplo de php.net al respecto:
Código PHP:
<?php
$row = 1;
$handle = fopen("test.csv", "r");
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ",")) !== FALSE) {
$num = count($data);
echo "<p> $num fields in line $row: <br /></p>\n";
$row++;
for ($c=0; $c < $num; $c++) {
echo $data[$c] . "<br />\n";
}
}
fclose($handle);
?>
http://www.php.net/fgetcsv
Simplemente define una variable contador (ese $row) en el bucle.
Un saludo,