En PHP tienes la función directa:
str_pad()
http://www.php.net/manual/en/function.str-pad.php
Para anteponer cualquier caracter a una cadena dada con una mascara.
También si dices trabajar esos datos en una BBDD .. lo mejor es usar "SQL" para tal fin. Por ejemplo Mysql tiene su "propiedad" para tipos de campos numéricos "ZERO FILL" que sirve para eso mismo . .para que añada ceros a la izquierda (hasta el n° de dígitos que definistes para ese tipo de campo).
Un saludo,