pues muy simple, la pega es usar TU propio servidor y TU propio protocolo.
no se a vos pero a mí y a muuuchos usuarios que conozco les pasa lo mismo, en reiteradas oportunidades el servidor del msn está caído y no te conecta. además a microsoft de tanto en tanto se le da por cambiar todo y obligarte a actualizar a nuevas versiones de su software, el msn y su protocolo incluídos, eso quiere decir que cada vez que a microsoft se le ocurra cambiar el protocolo del msn vos vas a tener que modificar tu software.
al usar tu propio servidor podés implementar TU propio protocolo y VOS decidís cuando y cómo lo cambiás, si es que algún día se te da por cambiarlo.
además de que podés implementar un mensajero instantáneo corporativo, familiar, privado o como se te ocurra, que puedas utilizar dentro de una empresa o donde quieras, mucho más liviano, sin todas las porquerías del msn que te lo hacen pesado innecesariamente o con las características que VOS quieras, sean cuales sean.
con ese criterio nadie haría otro tipo de mensajero instantáneo y usaríamos todos en todo el mundo el msn