ok mira, te voy a enseñar.
 
Primero y antes que nada desbes tener instalado el JDK 5 o el JRE 5, más que seguro estás sobre windows. 
Por ejemplo, mi JDK se encuentra instalada en este directorio "
C:\Archivos de programa\Java\jdk1.5.0_05"; dentro de este directorio existe una carpeta llamada 
bin. Dentro de esta carpeta, osea "
C:\Archivos de programa\Java\jdk1.5.0_05\bin" create un archivo de nombre 
HolaMundo.java y con el notepad añadele estas líneas de código
 
Código:
 public class HolaMundo {
// Comentario de una sola linea
/*
 * Comentario de Varias lineas
 */
/* El nombre del fichero debe ser el mismo nombre que tiene la clase,
 * si la clase se llama HolaMundo, el fichero deberá llamarse HolaMundo.java
 * se coloca public class es para declarar que la clase es pública
 */
    public static void main (String[] args) {
        /*
         * Este es el método que la JVM va a llamar cuando ejecutes la clase
         * es público, estático (la clase no necesita instanciarse), void
         * no devuelve nada y se llama main por default; y siempre recibe
         * un arreglo de String[], en este caso lo llamamos "args" al arreglo
         * si quieres ponerle otro nombre puedes hacerlo, cuando lo quieras
         * llamar tendrás que poner el nombre que le diste.
         */
        System.out.println("Hola Mundo"); //Del sistema, la salida imprima
        // una línea con el texto "Hola Mundo"
    }
}
   Weno, este es el codigo fuente que va dentro del HolaMundo.java.
Para compilarlo (osea, convertir a lenguaje de máquina) fíjate que en esa carpeta existe un ejecutable llamado "javac.exe", ese te va a permitir compilar tu aplicación. Ahora como lo compilas, pues fácil, te vas al MS-DOS y entras en el directorio donde se encuentra el javac.exe y en la línea de comandos escribes: javac HolaMundo.java .
Te darás cuenta enseguida que en el directorio ahora va aparecer un nuevo archivo llamado HolaMundo.class y es ese tu archivo binario.
Finalmente, para ejecutar tu aplicacion en la línea de comandos, en el mismo directorio escribes: java HolaMundo.
 
Deberás ver en pantalla "Hola Mundo" y enseguida el cursor del directorio actual, porque el programa solo imprime en pantalla Hola Mundo y finaliza.
 
Weno, espero que te haya servido... si quieres contactar conmigo estoy disponible en el msn messenger, como monorendonARROBAgmail.com