No lo he probado , pero supongo que con las variables de entorno :
Código:
...
Runtime aplicacion = Runtime.getRuntime();
try{
aplicacion.exec("%windir%/System32/NOTEPAD.EXE"); }
catch(Exception e){
system.out.println(e);
}
y creo que también puede funcionar "%SystemRoot%/System32/NOTEPAD.EXE"
o "%ComSpec% start NOTEPAD.EXE"
probando lo sabrás.