Wine es una capa de compatibilidad de la api de Windows en Linux. Enténdelo como una aplicación que se encarga de ejecutar los .exes y las dlls mientras "traduce" sus comandos al "lenguaje" de linux.
Existen otras aplicaciones que puedes usar dentro de linux, estas son los emuladores de máquinas virtuales como Vmware, Qemu o Bochs (las dos ultimas libres y gratuitas) cuya funcion es ejecutar una pc virtual dentro de tu pc, con su propia ram, unidades de disco, etc.
Las dos principales ventajas de Wine respecto a los emuladores son que no requiere una instalación (ni licencia) de Win y que como no crea una máquina virtual, no reduce el rendimiento de tu sistema. La desventaja es que como hay que reescribir el código y por que win es cerrado no todas las funciones de Windows y por tanto no todas las aplicaciones corren con wine. Sin embargo es un esfuerzo enorme el que ellos estan poniendo para que día a día sean más las aplicaciones soportadas.
Eso de copiar el .exe y abrirlo con wine no es así en la mayoría de los casos, para usar las aplicaciones deberás instalarlas como normalmente lo haces con windows: meter el cd, doble click en setup.exe, siguiente, siguiente, siguiente....
Sin embargo algunas aplicaciones, por cuestiones que no podemos entender aún gracias a sus códigos cerrados no ejecutan los instaladores pero copiando la carpeta pero es posible con un poco de esfuerzo y estudio hacerlas funcionar copiando el jecutable, las dlls propias y las entradas de registro de Windows al lugar correspondiente del "disco falso" creado por wine.
Saludos