Pues ahí lo tienes... El manual de subtitulos es para poder pegar los subtitulos a la vez que la pasas a MPG. El otro es para pasar a MPG, y se comenta cómo hacer la división en 2 CD si es lo que quieres.
Si te es más fácil, usa el DVD#VCD, lo hace todo: pegar los subtitulos, convertir a MPG, y dividir en número de CDs.