Prueba con una de las 2 opciones siguientes :
Código:
if(JOptionPane.showConfirmDialog(JOptionPane.getFrameForComponent(getParent()),"¿Desea cerrar la ventana?","Salir",JOptionPane.YES_NO_OPTION)==JOptionPane.YES_OPTION)
{ //Opción 1 : que no se vea , this se supone que es un jFrame
this.setVisible(false);
//Opción 2: si ya has abierto otro contenedor visual , podrias cerrar este con: System.exit(0); }