Es asi, lo que haya en ese archivo es equivalente a lo que escribirias entre <script></script>, por lo tanto, la unica forma de dividir el codigo es con funciones o con varios archivos, de otra forma se ejecutaria todo el codigo desde la primer linea hasta la ultima, tal como sucede si lo pondrias en la pagina.
Saludos.
<div align="right">Guerrillero del ERF</div><div align="right" style="font-family:Verdana;font-size:10px">Sin utopía la vida sería un ensayo para la muerte.</div>