que tal mau, para hacer eso, primero debes tratar el video en otro programa de edicion, si no estas familiarizado con ellos (avid, final cut), te recomiendo el premiere, muy intuitivo... una vez quitado el fondo azul, guardas el archivo con la informacion alpha, y ese video lo importas al flash.
si tienes dudas o te pierdes con el premiere, agregame al msn y te doy una mano