Hola ThunderFx:
Me parece que tu problema más que de php es de html/javascript
Se me ocurren distintas soluciones:
Los acentos con html tienen una codificación especial "á" es aquote; (con el signo && por delante... si lo pones con javascript debes usar la función escape... y unescape para la decodificación, aunque te han puesto la solución php que creo que es mejor.... y aún más fácil sería usar un formulario con el método get... y el sistema se encargaría de el problema de la codificación.
saludos