no hace falta el eval ni pasarle parametro ya que es global..
Código:
<script type="text/javascript">
var i = 0
function hola(){
i++
elem=document.createElement('input');
elem.type = "button";
elem.value = "borrar";
elem.onclick=fun2;
document.body.appendChild(elem);
}
function fun2(){
alert(i)
}
</script>
</head>
<body>
<a href="#" onclick="hola();return false">hola</a>
</body>