cerrar popup

[xknown]

Modificar tu script para la variable ventana almacene la referencia de la ventana (valga la redundacia) que abres:

Código:

<script type="text/javascript"> 
var ventana;
function ventanaSecundaria (URL){ 
        ventana=window.open(URL,"ventana1","width=1, height=1, scrollbars=no, menubar=no, location=no, resizable=no") 
        ventana.focus()
} 
function cerrarVentanaSecundaria() {
        ventana.close();
}
</script>

Button2.Attributes.Add("onclick", "cerrarVentanaSecundaria ();")

Saludos