Cree una tabla (prueba2), le puse un campo fecha de tipo longtext (tal como el tuyo, aunque no es necesario un campo tan grande, basta un varchar(15)), luego en php hice este codigo y funciona
Código PHP:
<?php
mysql_connect("127.0.0.1","root","");
mysql_select_db("test");
$ahora=mktime(0,0,0,2,20,2006);
mysql_query("insert into prueba2 values('$ahora')") or die(mysql_error());
$result=mysql_query("select * from prueba2");
$fila=mysql_fetch_assoc($result);
$fe= $fila['fecha'];
$actual=time();
$tran = ($actual-$fe);
$dia= ((60*60)*24);
echo ($tran/$dia);
?>