Problemas con multidominio

[stormy]

1- La estructura de enlaces se resentirá, eso es seguro. De todas formas, por lo que comentas, al tratarse de una red de sitios relacionados, es difícil que Google devalúe el valor de esos enlaces más de lo que ya los habrá devaluado, al no ser un patrón de enlaces "naturales".

Si el posicionamiento web no es por búsquedas comerciales competitivas lo más probable es que a pesar de lo dicho, no se vea muy afectado.

2- No entiendo bien si describes un problema (te aparece la IP al teclear el dominio) o si por el contrario quieres hacer eso. En cualquier caso el problema es del proveedor del alojamiento y/o servicios de DNS.