Probé este código y funciona:
Código PHP:
<?php
$fe= mktime(0,0,0,2,20,2006);
$actual=time();
$tran = ($actual-$fe);
$dia= ((60*60)*24);
echo ($tran/$dia);
?>
Estas seguro que guardas en la BD un timestamp? Podría darse que el timestamp de mysql sea distinto del de php? Esto último no creo.