Esta mal, para que te aumente en 1 ese contador java tienes que hacer lo siguiente:
function añadirotras()
{
<%
i=i+1;
%>
var indice=<%=i%>;
var nombre="otras"+indice;
document.write('<div id="nombre" style="position:absolute; width:114px; height:34px; background-color: #000000; z-index:11; left: 64px; top: 463;"><input name="otrastext" type="text" id="otrastext" size="15"/> </div>');
}
si pones <%=variable%> lo que haces es asignar el valor de la variable java.
si pones <% codigo java con sus ; al final como maradona manda %> te ejecuta el codigo sin problemas.
Para lo demas, investiga innerHtml.