podés usar un mktime con date...
Código PHP:
$fecha1 = "01/01/2006";
$fecha2 = "30/03/2006";
$f1 = explode("/",$fecha1);
$f2 = explode("/",$fecha2);
if (date("U",mktime(0,0,0,$f1[1] + 3,$f1[0],$f1[2])) > date("U",mktime(0,0,0,$f2[1],$f2[0],$f2[2]))) {
//codigo de más de 3 meses
}