En una estructura modular .. todos tus links hacen referencia al mismo script que los llama .. es decir, recargas la misma página una y otra vez pero con PHP en función del "módulo" que deseas usar .. así compones un "condicional" (IF, switch .. ) y llamas a tu "include()" que corresponda, es decir a tu "modulo". Algunas cosas tendrás fijas (ese menú que tienes aparte .. ) y otras serán dinámicas.
Revisa esta FAQ que ilustra el tema:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...278#post265278
Cuando lo tengas claro .. puedes revisar este tutorial más completo al respecto. (Pero antes mira la FAQ y entiendela .. es la base):
http://www.zonaphp.com/creando-webs-modulares/
Un saludo,