Hola Necros:
No entiendo bien el problema, y es que javascript lo puedes generar incluso en un textarea o un input, y te puedo asegurar que funciona.
Te remito a una página que hice:
http://www.pepemolina.com/DOM/destripador.html
Donde pone probar código, puedes poner código válido: alert("hola") por ejemplo... o incluso crear variables o funciones, simplemente con la función eval.
Para cosas más complejas puedes usar new Function...
window["mifuncion"] = new Function(param1, param2) {
procesar(param1);
procesar(param2);
}
Saludos
