Hola:
La verdad es que es un poco difícil usar javascript en una página pdf, ya que suelen generarse desde editores gráficos o programas que solo "generan" el diseño...
Si la página (documento) pdf la puedes generar con php, te recomiendo que veas la librería fpdf (
www.fpdf.org) donde se habla algo del tema. En pdfs ya hechos, no creo que se pueda hacer nada.
Saludos