Listo Snoopy2
No es necesario convertirlo en tiempo de trabajo, cuando lo exportas, supongo que a mpg, seleccionas joint to stereo y listo, lo acabo de probar y te crea una peli con dos canales L y R
Prueba con esto, estuve usando el Adobe Media Encoder salida a mpg -> propiedades de audio -> Joint to Stereo
Salud!