Primero... yo te diría que pruebes quitando ese @ y poniendo en la primera linea del script esto
Código PHP:
error_reporting(E_ALL);
Si no lanza ningún error, buscamos por otra parte.
Segundo... ¿Estas seguro que el archivo llega al servidor? Si llega ¿Estas seguro que el problema no ese programa en C?...
Saludos.
PD: No veo ningún tipo de validación sobre el archivo y veo que agregas datos a la DB... al subir un archivo y tener problemas el script esta metiendo basura en la DB, ¿Verdad? Deberías arreglarlo.