select dependiente que conserva 2 items

[mkls]

Tengo el sigte problema:

Cree un select donde al seleccionar uno u otro varian los contenidos de otro select ahi 0 problema, el lio es este:

Para crear el "select variable" ejecuto una consulta en mysql en 2 tablas diferentes ejemplo:
Si en el select selecciono "bodegas" el otro me muestra las bodegas donde se guardan los productos
si en el select selecciono "sucursales" el otro me muestra las sucursales

pero resulta que las bodegas son 7 y las sucursales 5
y al cambiar de bodegas a sucursales al final del select aparecen las 2 ultimas bodegas.. asi:

- sucursal 5 -
- bodega 6 -
- bodega 7 -

existe alguna forma de que cuando cambie de un selec a otro pueda borrar todo el "select variable"?